El mejoramiento genético de las alpacas consiste en sacarle ventaja a su variabilidad genética seleccionando artificiosamente y apareando adecuadamente los animales a fin de incrementar su productividad rentable.
Las reiteradas declaraciones en Camelidotecnia de Ramón Pizarro Rodriguez, nos hace entrever que los conocimientos genéticos en camélidos andinos son muy escasos y parciales, es decir poco se ha trabajado por mejorar genéticamente en esta especie.
Claro está, que las investigaciones deben orientarse fundamentalmente a la mejora genética de las alpacas y las llamas y a la implementación de las pruebas de progenie de los reproductores más sobresalientes. Al respecto R. Pizarro recomienda: "Los empadres deben ser realizados entre animales sobresalientes con escaso parentesco posible, eliminando los que presenten defectos. También es conveniente la separación de rebaños de alpacas Suri y Huacaya en función de las características propias y la especialización que se desee obtener".
Más adelante señala: Para alcanzar productividad de por vida de los reproductores seleccionados es recomendable eliminar el prognatismo en las madres y machos durante el cruzamiento a fin de disminuir esta anormalidad genética...Es adecuada la confección de planillas y registros para alpacas que nos permitan posteriormente proporcionar datos de utilidad".
Sin duda, es imprescindible llevar un anecdotario de todo el fenómeno reprocutivo desde el nacimiento hasta la fecha de la baja, consignando una serie de datos que permitan darnos cuenta sobre el manejo técnico de estos animales. Se han visto casos de algunos seleccionados como EXCELENTES, al cabo de un tiempo convertidos en uno más del montón. El manejo técnico recomienda que hay que protegerles con una capa, no permitirles que se acerquen a los revolcaderos ni llevarlos al consumo de dieta seca con escasa agua.